Iki XIV a. pab. Verkiai buvo didžiųjų kunigaikščių nuosavybė. Dokumentuose (Jogailos privilegijoje) Verkių dvaras pirmą kartą paminėtas 1387 m. Tada dvaras padovanotas Vilniaus vyskupui (iki XVIII a. antrosios pusės Verkiuose buvo vyskupų vasaros rezidencija). XVII a. pab. – XVIII a. pr. Verkius valdė vyskupas Konstantinas Kazimieras Bžostovskis. 1780 m. Verkiai tapo vyskupo Ignoto Masalskio nuosavybe.

Naująjį ansamblį XVIII a. pab. kūrė architektas Knakfusas ir Laurynas Stuoka- Gucevičius. Knakfusas parinko naujajai rezidencijai vietą, sudarė bendrąjį komplekso planą. Buvo pastatyti abeji šoniniai rūmai – oficinos. Pirmoji pastatyta rytinė oficina. Joje apsigyveno Masalskis. 1781 m. Verkiuose pradėjo dirbti Laurynas Stuoka- Gucevičius. Jis sudarė naują centrinių rūmų ir jų interjero projektą. Po Masalskio mirties (1794 m.) Verkių rūmus kaip kraitį paveldėjo jo dukterėčia Elena Apolonija Masalskytė de Linjė. Rūmai nukentėjo per 1812 metų karą. Masalskytės de Linjė vyras grafas Vincentas Potockis 1816 m. juos pardavė Vilniaus apskrities maršalkai Stanislovui Jasinskiui. Šis juos remontavo, rytinėje oficinoje įrengė rezidenciją.1839 m. Verkius nupirko kunigaikštis Liudvikas Vitgenšteinas ir pradėjo dvarą rekonstruoti. Apie 1840 m. perplanuotas parkas, pastatyta nauja tvora, vartai, sargo namelis. Rekonstravus rezidencinę (rytinę) oficiną, centriniai rūmai nugriauti. Rūmų aikštės perplanavimo darbams vadovavo inžinierius Pranciškus Jaščoldas. 1856 m. Verkiai atiteko Prūsijos feldmaršalui kunigaikščiui Peteriui Vitgenšteinui, Liudviko sūnui. 1887 m. Verkiai atiteko Marijai Vitgenšteinaitei – Hohenlohė, o 1901-10 priklausė Aleksandrai Čepelevskajai. Verkių ansamblis pradėjo nykti. 1910 m. Verkiai atiteko Karpui Kazimierui Spinekui. Per Pirmąjį pasaulinį karą buvo stipriai apgriauti. 1920-40 metais pastatuose buvo pensionas ir vasarnamiai. Nuo 1960 metų kompleksas priklausė Mokslų akademijai.

Rytų oficina (G230K1): Pastatyta XVIII a. pabaigoje pagal architekto Knakfuso projektą. Apie 1839-40 metus rekonstruota; darbams vadovavo inžinierius Malevskis ir architektas Karolis Podčašinskis. Apie XIX a. vidurį pagal architektų Bernaro Simono ir Alfonso Žirardo projektą rūmai pertvarkyti: prie pietinio galo pristatyta oranžerija, prie šiaurinio – aukštas bokštas, pietrytiniame kampe – baseinas; pakeistas kambarių išplanavimas. Virš baseino įrengtas balkonas, aptvertas baliustrada. 1970-1975 m. oficina restauruota pagal architekto Antano Kunigėlio projektą.

Statyta klasicizmo, rekonstruota istorizmo laikotarpiu. Šiuo metu oficina yra puošniausias komplekso pastatas. Pastatas trijų aukštų (trečias aukštas atikinis), su rūsiu. Stačiakampio plano, su iškyšomis, 2 išilginėmis kapitalinėmis sienomis. Pamatai akmenų, sienos plytų mūro, rūsiai su cilindriniais ir kryžminiais skliautais. Pagrindinis fasadas asimetriškas, su rizalitu ir bokšteliu. Įėjimą pabrėžia 4 jonėninių kolonų portikas su gausiai lipdiniais dekoruotu frizu ir trikampiu frontonu, pastatytu XIX a. II pusėje. Fasadą skaido didžiojo jonėninio orderio piliastrai, sieną tarp piliastrų – negilūs horizontalūs rustai. I ir II aukštą skiria juosta. Langus juosia profiliuoti apvadai. Dalį I aukšto langų ir duris puošia trikampiai sandrikai, salės arkinius langus – lipdiniai. Kitus fasadus taip pat skaido piliastrai. Rytinio fasado cokolis paaukštintas dėl žemėjančio reljefo.

Vakarų oficina (G230K2): Statyta Knakfuso XVIII a. pab. Apie 1839-40 m. vyko rekonstrukcinis kapitalinis remontas; jam vadovavo inžinierius A.Malevskis ir architektas Podčašinskis. 1842-44 m. architektai Simonas ir Žirardas oficiną rekonstravo, pakeitė išorę: galuose sumažinta piliastrų, frizas papuoštas lipdiniais, kai kur pridėti langų sandrikai. 1962-64 m. pagal architektės Aldonos Švabauskienės projektą atliktas kapitalinis remontas.

Yra XVIII a. pab. klasicistinio stiliaus santūrių formų saikingai dekoruotas pastatas. Trijų aukštų (III aukštas atikinis). Stačiakampio plano. Pamatai akmenų, sienos plytų mūro. Stogas keturšlaitis. Pagrindinis fasadas simetriškas. Įėjimą pabrėžia portikas su 4 jonėninio orderio kolonomis, remiančiomis aukštą antablementą. Du fasado aukštus skaido didžiojo jonėninio orderio piliastrai. Du kraštiniai iš abiejų pusių I aukšto langai ir įėjimas papuošti trikampiais sandrikais. II aukšto stačiakampiai langai su apvadais ir palangėmis, primenančiomis tiesinius sandrikus. Galinius šiaurės ir pietų fasadus taip pat skaido jonėninio orderio piliastrai. I aukšto langai ir nišos su tiesiniais sandrikais. Pagrindinis ir galiniai fasadai apjuosti plačiu antablementu. Jo karnizas papuoštas jonikais, dantukais ir akanto lapais, frizas – geometrinio ornamento lipdiniais. Atikinio aukšto karnizas su dantukais. Vakarinį fasadą skaido piliastrai be kapitelių, bet su bazėmis. Langai be apvadų, karnizas puoštas dantukais.

Paviljonas (G230K3): manoma, kad statytas XVIII a. pab. pagal Stuokos- Gucevičiaus projektą kaip klėtis su ledaine. XIX a. pab. ir XX a. pr. pastate gyveno Verkių dvaro valdytojas J.Hiksa. Po II pasaulinio karo pristatyti laiptai į rūsį, įstiklintas prieangis. 1962-63 namas remontuotas pagal architekto Antano Kunigėlio projektą. 1984 m. pastato tyrimus atliko architektai Antanas Junigėlis ir Nijolė Ščiogolevienė.

Yra klasicistinio stiliaus pastatas. Saikingai dekoruotas, 2 aukštų, keturšlaičiu stogu ir kupolu bei rūsiu. Kupolas su mediniu įstiklintu žibintu, dengtu kūginiu stogeliu. Planas simetriškas, beveik kvadratinis. Pamatai akmenų ir plytų, sienos plytų mūro. Pagrindinis fasadas simetriškas, susideda iš 3 beveik lygių dalių. Vidurinėje dalyje įdubus portalas. Jį pabrėžia 2 toskaninio orderio kolonos ir lodža su baliustrada II aukšte. Kiti fasadai simetriški, su stačiakampiais langais, puošiamais tiesinių sandrikų, ir nišomis. Visus fasadus juosia antablementas; jo karnizas su modiljonais.

Užvažiuojamieji namai (G230K4): jų mūrinė dalis 1792 m. jau stovėjo. Manoma, kad autorius yra Laurynas Stuoka- Gucevičius. 1839 m. čia buvo arklininkų oficina, vėliau pastatai vadinami rūmų arklidėmis. Apie 1856 m. pastatas buvo rekonstruotas. Manoma, kad XIX a. viduryje pristatyti šoniniai mūriniai pastatai. 1962 m. pagal architekto Kunigėlio projektą atliktas kapitalinis remontas. 1984 m. architektė Vitalija Stepulienė atliko pastatų architektūrinius tyrimus.

Monumentalaus tūrio. Pagrindinė dalis klasicistinio stiliaus, kiti pastatai be ryškesnių stiliaus bruožų. Susideda iš vidurinio 2 aukštų pastato ir prie jo kampų prigludusių vienaaukščių pastatų – arklidės ir ratinės. Planas simetriškas, primena U raidę. Ratinė ir arklidė stačiakampio plano; stovi abipus uždaro kiemo. Šiaurėje jas jungia namas, pietuose – mūro tvora su vartais. Pastatų pamatai akmenų ir plytų, sienos plytų mūro. Dvišlaičiai ir keturšlaičiai stogai. Vidurinio namo fasadas turi 6 toskaninių kolonų portiką. Vidurinis tarpkolonis platesnis, čia yra įvažiavimas į vidaus kiemą. Aukštus skiria juosta. Pastatą juosia antablementas, jo karnizas su modiljonais. Virš stogo yra į vieną tūrį sujungta dūmtraukių grupė, už jo- bokštelio viršus. Vidurinės dalies šonuose esančių arklidės ir ratinės galinių fasadų plokštumos lygios, ašis pabrėžia durys su apskrita anga. Pagrindinio pastato kiemo fasade dominuoja laiptuotas bokštelio tūris. Kvadratinio bokštelio langeliai siauri, stačiakampiai, stogas keturšlaitis su stoglangiais ir vėtrunge. Vidurinio namo ir arklidės kiemo fasadus skaido maži langeliai ir siauros durys, ratinės fasadą – keletas dvivėrių durų su segmentinėmis sąramomis. Kiti fasadai lygūs, su mažais langeliais. Kiemą iš pietų juosia žema tvora. Jos platūs vartai turi segmentinę arką.

Užvažiuojamieji namai (arklidės) restauruoti 1997-1999 m. Sutvirtintos ir kai kurios pakeistos stogo medinės konstrukcijos. Pakeista cinkuotos skardos stogo danga, įrengti stoglangiai, lietloviai ir lietvamzdžiai, apšiltinta pastogė. Sutvarkyta vėtrungė, apskardinti fasadų architektūriniai elementai, palangės. Atliktų darbų vertė – 249,9 tūkst. Lt.

Rytinės ir vakarinės oficinų eksterjeras restauruotas 1998-2002 m. Sutvirtintos abiejų oficinų stogo medinės konstrukcijos, pakeista stogų skardinė danga, įrengti lietloviai ir lietvamzdžiai, restauruotas fasadų tinkas, lipdiniai, nudažyti fasadai, langai ir durys. Taip pat įrengta alsuojanti nuogrinda, sutvarkyta lietaus kanalizacija, laiptai, šaligatviai. Atliktų darbų vertė – 1242,3 tūkst Lt.

Paviljone tvarkymo darbai pradėti 2002 m. Sutvirtinamos ir restauruojamos medinės stogo konstrukcijos, keičiama cinkuotos skardos stogo danga. Tvarkomas kupolas. Užbaigus tvarkyti stogą, numatyta restauruoti fasadus.

Darbus atlieka Broniaus Gaižučio individuali įmonė “Sodžius”, projekto vadovė– architektė restauratorė Birutė Gudynaitė. Darbus finansuoja Lietuvos Respublikos Vyriausybė, Kultūros vertybių apsaugos departamentas, Botanikos institutas, Pavilnių ir Verkių regioninio parko direkcija.